機能システム自体をグルーピングして、階層化します。
STEP2は「サブシステムの機能システム単位へのグルーピング」です。
STEP1で整理したサブシステム構成図やサブシステム一覧や組織構成の情報を利用して、サブシステムを機能システム単位へグルーピングします（STEP2-1）。
機能システム単位にグルーピングした結果、機能システムの数が2〜30以上となった場合には機能システム自体をグルーピングして、階層化します（STEP2-2）。
やり取り内容に応じてグルーピングして、外部との連携を集約します。
「STEP3 機能システム間、および機能システム-外部接続先間の連携の整理」では、サブシステム構成図から他の機能システムと接続しているサブシステムを確認、整理し（STEP3-1）、サブシステム構成図から外部と接続しているサブシステムを確認、整理します（STEP3-2）。
そのうえで、機能システム間の連携について、連携情報を集約し（STEP3-3）、外部の接続先をやり取りする内容に応じてグルーピングして、外部接続先との連携を集約します（STEP3-4）。
作成した「全体システム構成図」を関係者に確認します。
そして、「STEP4「全体システム構成図」の確認」では、作成した「全体システム構成図」を関係者に確認し、各要素の理解が正しいかを検証するのです。
